次世代シーケンサー対応機能

ゲノムマッピング

発現量比較機能

ゲノム種比較

• ゲノムマッピング (高速化)
  次世代シーケンサーからの断片配列 (FASTA、FASTQ、FNA / QUAL、CSFASTA) を既知のゲノム配列 (参照配列) にマッピングします。
• トリミング機能
  入力した配列に対してアダプター配列や低クオリティ領域を切り取るトリミング処理を行い新しいファイルに出力します。
• SNP 検出機能 ▲
  マッピング結果から SNP の検出を行います。 PCR 重複除去、Realignment およびフィルタ処理を行うことができます。結果は VCF ファイルとして出力することができます。
• Magic-BLAST 検索 ▲ ●
  ゲノムやトランスクリプトーム全体に対して NGS シーケンスデータをマッピングします。RNA-seq のマッピングにも対応しています。
• BAM ファイル指定発現量解析 ▲ ●
  入力元として BAM/SAM ファイルを直接指定して発現量解析を行います。
• 発現量解析機能 ▲
  マッピングの結果を元に発現量解析を行います。
• 発現量比較機能 ▲ ●
  マッピング結果から作成したカウントデータから、DESeq2 パッケージを利用して二群間比較を行います。
• De novo Assembly MEGAHIT ▲ ●
  MEGAHIT ▲ を使用して、次世代シーケンサーから出力された断片配列の De novo Assembly を行います。
• 数値指定で範囲選択・移動 ●
  任意の数値を指定し、指定した範囲を選択・移動が可能になりました。
• ゲノム種比較 (微生物) ▲ ●
  Tetra Nucleotide 頻度および ANI (Average Nucleotide Identity) 値を算出して微生物ゲノム間の比較を行います。

シーケンサー出力のアセンブル

配列・波形同時表示

• 配列・波形同時表示機能
  同一画面上に配列ファイルと波形ファイルを表示が可能になりました。
• ベクター配列のトリミング
  ベクター配列を検索して、断片配列を読み込む際にその部分を取り除きます。目的の塩基配列のみをアセンブルすることができます。
• アミノ酸翻訳表示
  コンセンサス配列からアミノ酸へ翻訳して、コンセンサス配列と同時に表示できます。
• プロジェクトファイル形式の共通化
  ATGC-MAC で作成したプロジェクトファイルを ATGC で開けるようになりました。また、その逆も可能です。
  
  ※Macintosh版の旧バージョンで作成したプロジェクトファイルはMacintosh版のみ対応
  Windows版の旧バージョンで作成したプロジェクトファイルはWindows版のみ対応