ATGC Ver.5 Macintosh版

シーケンスアセンブリソフトウェア

シーケンスアセンブリソフトウェア ATGC は大量のフラグメントの結合処理を高速に行い、
波形の信頼度を考慮してコンセンサス配列の決定をするソフトウェアです。
次世代シーケンサーのデータにも対応しています。

編集画面・結合マップ・波形表示の連動
次世代シーケンサ対応機能
アミノ酸翻訳表示

OS X 10.10 Yosemite 対応

OS X 10.9.5 Mavericks 以上

シーケンサー出力のアセンブル

編集画面・結合マップ・波形表示の連動

編集画面に連動して結合マップと波形表示がスクロールするので、波形を確認しながらの編集作業が効率よく行えます。

ベクター配列のトリミング

ベクター配列を検索して、断片配列を読み込む際にその部分を取り除きます。目的の塩基配列のみをアセンブルすることができます。

アミノ酸翻訳表示

コンセンサス配列からアミノ酸へ翻訳して、コンセンサス配列と同時に表示できます。

配列のファイル出力 (multifasta 形式対応)

次世代シーケンサー対応機能

ゲノムマッピング

次世代シーケンサーからの断片配列 (FASTA、FASTQ、FNA/QUAL、CSFASTA) を既知のゲノム配列 (参照配列) にマッピングします。

SAM / BAM インポート

マッピング等の解析で一般的に使われる SAM / BAM 形式のファイルを読み込んで、ゲノムマッピングの結果と同時に表示します。

変異表

ゲノムマッピングによって得られたコンセンサス配列と参照配列を比較して、その変異を一覧表示します。変異表は印刷や CSV 形式でのファイルで出力できます。

de novo アセンブリ

Forge を使用して、次世代シーケンサーからの断片配列 (FASTQ、FNA/QUAL、CSFASTA) の de novo アセンブリを行います。

印は Ver.5 で新規追加された機能です。

動作環境

対応機種OS X Mavericks (10.9.5) 以上が動作する IntelMac シリーズ
OSOS X Mavericks (10.9.5) 以上 ※OS X Yosemite (10.10) 対応
メモリ1GB 以上 (2GB 以上を推奨)
HDD 容量1GB 以上の空き容量
HFS+ でフォーマットしたもの
(購入時は HFS+ でフォーマットしてあります。その他のフォーマット上では動作しません)
その他CD-ROM (DVD-ROM) 装置 (インストール時に使用)