核酸・アミノ酸配列入力編集
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核酸・アミノ酸配列共通解析
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- グローバルホモロジー検索
- マキシマムマッチング
- Muscle を使ったマルチプルアライメント
- ClustalW を使ったマルチプルアライメント※
- MAFFT を使ったマルチプルアライメント ★
- 各配列間の %Identity の表を出力 ★
- 系統樹 ★
- ハープロット
- ローカル BLAST 検索機能
核酸配列解析
- 各種解析の一括解析一覧表示
- 配列データ組成分析
- アミノ酸配列への翻訳
- 特許出願フォーム出力
- GC 含量分布図作成処理
- di-Nucleotide 含量分布図作成処理
- ダイレクトリピート部位の解析
- インバーテッドリピート部位の解析
- 高速制限酵素解析
- 制限酵素認識部位の解析
- アミノ酸変異導入設計支援機能
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- コドンフレーム別含量分布図作成処理
- プロモーター部位の解析
- PCR プライマー部位の解析
- プライマー解析 Primer3 支援
- ハイブリダイゼーション機能
- tRNA 領域の解析
- ヘアピン構造部位の解析
- パリンドローム部位の解析
- 核酸配列二次構造予測
- siRNA ターゲット部位予測
- コドン頻度表を使ったコード領域予測
- Fickett 法を使ったコード領域予測
- CpG island の候補検索
- 5' 3' スプライス部位候補検索
- Polymerase II プロモーター部位候補検索
- PolyA Signal 候補検索
- MUMmer
配列データベース
- 配列データベース
- データベースの作成
- 配列の登録
- 検索
- エントリの配列/並列エディタでの表示
- BLAST データベースの生成
- 次世代シーケンサーの解析結果等の fna 形式のファイルのインポート
- 自動更新機能
アミノ酸配列解析
- 各種解析の一括解析一覧表示
- 配列データ組成分析
- シグナルペプチドの予測
- 配列組換え機能
- 蛋白質の等電点予測
- 核酸配列への逆翻訳
- 特許出願フォーム出力
- 蛋白質の親水性・疎水性表示
- 蛋白質の疎水性クラスター解析
- エドモンソン・ホイール・プロット法による蛋白質の構造予測
- T 細胞抗原性部位の予測
- アミノ酸配列からの制限酵素の解析
- ペプチダーゼ処理
- PEST 配列の検索
- 蛋白質二次構造予測
- 核酸をアミノ酸に翻訳してのホモロジー検索
シーケンスアセンブラー
- 波形ファイルのサポート
- コンティグマップ、波形画面、アライメント画面の連動
- 解析処理
- トリミング処理
- 編集機能
- ファイル出力
- 波形全体の印刷 ★
- アライメント全体の印刷 ★
論文作成支援
次世代シーケンサー対応機能
- 対応形式: fastq, fna/qual, csfasta
- マッピング機能
- BAM/SAM 形式データ読み込み機能
- ペアエンドマッピング
- 複数の染色体別に同時にマッピング
- 参照配列の Feature の表示
- 変異表の CSV 出力、印刷
- マッピング結果の印刷
- De Novo Assembly
- クオリティチェック機能 ★
- トリミング機能 ★
- 配列組成表示機能 ★
インターネット検索支援
その他
- GENETYX-MAC アップデータ履歴チェック、アップデータの取得
- コマンド呼び出し機能
※ClustalW は製品に含まれておりません、別途インターネットで入手する必要があります。
★印は Ver.19 で追加、機能アップされた項目です。
