GENETYX-SQ/EX

GENETYX-SQ/EX はゲノムレベルまでの配列決定を支援するソフトウェアです。
大量のフラグメント配列を高速かつ正確に行います。
コンセンサ配列の決定は波形の信頼度を考慮する機能など最新のテクノロジーが組み込まれ、
コンティグのマップウインドウと波形データとアライメントの同時連動表示等、操作性も優れています。



サンプル画像

大規模、高速処理を実現
大量のフラグメントの結合処理を行うにもかかわらず、オーバーヘッド時間を極力抑えてスケラーブルな性能を実現しています。長い配列のスクロールも高速に行えます。
ホールゲノムの配列決定を支援
ホールゲノムの配列決定に必要な 20,000 本 (10 Mbp (メモリ依存) ) におよぶフラグメントのショットガン配列決定が可能です。将来 200,000 本までを対応予定。
強力な自動結合処理
シーケンスのマッチング、スコア処理、結合ツリーの作成において最高の結合処理が実現されています。
シーケンス波形表示とアライメントの同時表示
シーケンサーの波形表示がアライメント画面と連動して表示されます。コンセンサス配列の決定がすばやく正確にできます。
波形の信頼度を考慮した配列決定
コンセンサス配列の決定は、フラグメント毎の波形の信頼度を基に決定します。コンセンサス配列の機械的な編集作業を飛躍的に軽減できます。結合編集作業時間を大幅に短縮できます。
ベクター配列のトリミング
シーケンサーから出力された配列からベクター配列のトリミング処理が可能です。配列決定における前処理にかかる時間も短縮できます。
扱いやすい操作性
操作はメニューから指定できるだけでなくショートカットキーなども備えており初心者からエキスパートまで安心してお使いいただけます。
各種フォーマット
波形データは各社のオートシーケンサーに対応しています。配列データは GenBank, EMBL, GENETYX ファイルなどが利用可能です。これらは混在して利用可能です。
■ 解析処理 ● 結合マップの表示
  • プロジェクト管理機能
  • フラグメント自動結合処理
  • マルチスレッド解析処理
  • フラグメントの追加マッチング
  • コンティグ同士の結合
  • アンコネクト配列の結合
  • 結合マップ表示
  • アライメント配列出力
  • 解析条件の設定
  • マッチングスコアファイルの設定
  • ログファイル出力設定
マップ

■ 波形処理 ● 波形処理
  • 波形データの一括変換処理
  • 波形のマルチ表示
  • 波形の信頼度算出
  • 波形表示レベルの自動マッチング
  • 波形表示ピッチの拡大/縮小
  • 波形表示レベルの増幅/縮小
  • 編集画面との連動
波形処理

■ トリミング処理 ● トリミング処理
  • べクターの設定
  • プライマーの設定
  • 制限酵素の設定
  • 検索範囲の設定
  • ホモロジーパーセント設定
  • ベクター配列長の設定
  • 除去配列長の設定
  • あいまい配列の除去設定
トリミング処理

■ 配列編集処理 ● 配列編集処理
  • フラグメント配列の編集
  • コンセンサス配列の編集
  • 配列の並び替え機能
  • 結合マップと編集画面の連動機能
  • Undo/Redo 機能
  • 波形と編集画面の連動機能
  • コンティグの反転
  • コンセンサス配列の再構成
  • コンティグからのフラグメント除去
  • 編集マーキング機能
  • メニューの切り離し(tear off)
  • トリミング部位の復活/伸長
  • 配列のウィンドウ間コピー
  • 不一致/ギャップ位置へのスキップ機能
配列編集処理

■ 動作環境


対応機種 Sun Ultra1, 2 SPARC stationシリーズ
OS Solaris2.5以上
メモリ 128 MB 以上
HDD容量 50 MB 以上
スワップエリア 400 MB 以上
対応シーケンサー ABI, ファルマシア, 日立