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Magic-BLAST の実行結果から発現量比較を行う (GENETYX-NGS/MAC) (v23/v22)

  1. GENETYX-NGS/MAC を起動します。

    GENETYX-MAC の [Application] → [GENETYX-NGS/MAC]を選択します。

    genetyx-mac_menu_ngs.png

  2. [Function] → [Magic-BLAST (for RNAseq)...] を選択します。

    ngs_mac_menu_magic-blast.png

  3. Magic-BLAST を実行します。

    Query Sequences を複数指定すると、Query 毎に SAM ファイルが作成されます。

    magic-blast_dialog.png

  4. [Function] → [Expression Level with BAM (featureCounts)...] を選択します。

    ngs_mac_menu_expression_level.png

  5. Magic-BLAST 解析結果の SAM ファイルを指定して解析を実行します。

    発現量比較で使用するすべての SAM ファイルに対して実行します。

    expression_level_dialog.png

  6. 解析結果をテキストファイルに保存します。

    表示された解析結果の Result of FeatureCounts を保存します。 保存したファイルがカウントファイルになります。

    result_of_featurecounts.png

  7. [Function] → [Compare Expression Levels...] を選択します。

    ngs_mac_menu_compare_expression_levels.png

  8. 比較するグループ毎にカウントファイルを指定して [OK] をクリックします。

    Expression Level with BAM (featureCounts)... で保存したカウントファイルを指定します。 発現量比較で利用する DESeq2 は 1 対 1 の解析には対応していません。少なくとも合わせて 3 つ以上のカウントファイルを指定してください。

    compare_expression_levels_dialog.png

  9. 解析結果が表示されます。

    VolcanoPlot.png