BLASTはNCBI (National Center for Biotechnology Information) が開発しているホモロジー検索ソフトウェアです。

ローカル BLAST 検索 (Blastn, Blastx, Blastp, Tblastn)
配列データベースで作成したディビジョンに対してblast検索を行います。Local BLAST ダイアログから直接ディビジョンを作成できます。

Bl2seq (Blastn, Blastx, Blastp)
bl2seq は配列データベースに対してではなく、個々の配列に対してホモロジー検索を行います。