■プローブの利用範囲

• サザンブロットハイブリダイゼーション
• ノーザンブロットハイブリダイゼーション
• In situ ハイブリダイゼーション

■処理の流れ

1. ターゲット遺伝子の検索・指定

ターゲット遺伝子を、下記いずれかで指定

1. キーワードによる検索
2. アクセション番号の入力
3. 配列直接入力

2. ターゲット遺伝子をクエリにして BLAST

ターゲット遺伝子をクエリにして NCBI RefSeq データベースを検索

プローブの条件を定め、他の遺伝子との相同領域を取り除いた領域からプローブ候補を検索開始

3. プローブ候補の一覧表示

検索したプローブ候補を特性値と共に一覧表示

• 自己相補安定性
• RNA 二次構造安定性
• ヘアピン構造安定性
• G 含量
• Tm 値
• PCR Primer GC 含量

一覧の中から、利用するプローブを選択します。

4. プローブの特異性確認

3. で選択したプローブの特異性を塩基配列全体のデータベースで確認できます。

高い相同性をもつ領域が存在したときは、その領域を除いて再検索を行うことができます。

これまでの操作の記録 (ログ) を保存することができます。

また、プローブのデータを CSV 形式で保存することができます。

■G-Probe1 の利用例

本ソフトウェアを利用して作製した cRNA プローブを用いて行った ISH の例

マウスの結果例 (紫色の領域が発現している箇所)