次世代シーケンス解析ソフトウェア GENETYX NGS Ver.1 / GENETYX NGS-MAC Ver.1

次世代シーケンス解析ソフトウェア GENETYX NGS Ver.1 / GENETYX NGS-MAC Ver.1 は、次世代シーケンサーのデータを解析するソフトウェアです。
リファレンス配列へのマッピング、De novo Assembly、クオリティチェック、トリミング、発現量解析など多岐にわたる解析内容をご利用いただけます。

マッピング機能

De novo Assembly 機能

マッピング

多数の断片配列を既知の配列上の類似度の高い部位へ配置します。

De novo Assembly (MIRA または Forge)

MIRA または Forge を使用した De novo Assembly を行います。

クオリティチェック機能

マッピングやアセンブルなどの解析を行う前にシーケンサーから出力されたデータの質を調査します。

調査の対象は「クオリティ スコア」「各塩基の割合」「配列長」「重複度」等です。

解析結果は HTML 形式でファイルに保存して Web ブラウザ等で閲覧することができます。

トリミング機能

ファイルから入力した配列に対してトリミング処理を行い新しいファイルに出力します。

トリミングには以下のような処理があります。

  • アダプター (パターン指定) 配列切除
  • poly-A(T) tail 切除
  • クオリティ閾値配列切除
  • ベース数指定配列切除

また、条件を指定して配列を取り除く処理も行います。

配列除去には以下のような処理があります。

  • あいまいなベースを含む配列の除去
  • 長さ制限による配列の除去

配列組成機能

任意の範囲を指定して、マッピングされたセグメント配列の組成を解析します。

解析結果は表として出力され CSV ファイルとして保存することができます。

発現量解析機能

マッピングの結果を元に発現量解析を行います。

参照配列のアノテーション情報を GTF (GFF) ファイルから入力します。

Windows版はカウントのみの表示

解析履歴機能

解析実行時にパラメータを記憶、後から過去の解析パラメータを呼び出して解析を再現することができます。

解析パラメータは各解析のダイアログに設定されるので、解析を実行する前に変更することも可能です。

クオリティチェック機能
トリミング検索
発現量機能
配列組成機能
解析履歴機能

動作環境 (Windows版)

対応機種 Microsoft Windows 10 / 8.1 / 7 が動作する機種
OS Microsoft Windows 10 / 8.1 / 7
※以上全て日本語版、64bit OS
メモリ 8GB 以上 (16GB 以上推奨)
HDD 容量 1GB 以上の空き容量
その他
  • Internet Explorer Ver.11 以上がインストールされていること
  • 本製品のご使用にはインターネットによるライセンス認証が必要

動作環境 (Macintosh版)

対応機種 macOS Sierra v10.12 以上が動作する IntelMac シリーズ
OS macOS Sierra v10.12 以上
メモリ 8GB 以上 (16GB 以上推奨)
HDD 容量 1GB 以上の空き容量
その他
  • 光学ドライブ (インストール時に利用します。)
  • 本製品のご使用にはインターネットによるライセンス認証が必要