GENETYX-MAC よくある質問

拡張子のない配列が選択出来ない

→ファイルタイプが設定された配列ファイル (古いバージョンの GENETYX-MAC で作成された配列ファイルがこれに当たります)、または配列ファイルとして識別される拡張子を持たない配列ファイルは Open... コマンドで選択することが出来ません。これは Mac OS X の仕様です。この場合は Open As Sequence... コマンドで配列ファイルを選択することが出来ます。

GENETYX-MAC で使える拡張子がついているのに配列を選択出来ない

→"seq" などの拡張子を使う他のプログラムとコンフリクトしている可能性があります。例えば、MacVector では "seq" の拡張子が使われています。一番簡単な方法はそのプログラムを削除してしまうことですが、それが出来ない場合は、Open... コマンドではなく Open As Sequence... コマンドを使って下さい。

Mac OS ではかつてファイルタイプとクリエータという情報でファイルの種類とアプリケーションを関連付けていましたが、ファイルタイプとクリエータは Apple によって廃止されました。現在は拡張子で関連付けますが、同じ拡張子を使うプログラムがコンフリクトするとこのような問題が発生します。

配列の読み込み時にエラーが出る

→配列ファイル内に英数字や '*', '-' 以外の文字、全角文字や制御コードなどの不正な文字が含まれているとエンコードエラーが発生して配列を読み込めません。Mac OS X ではテキストファイルの読み込み時に文字エンコーディングを厳密に指定する必要があるため、エラーが発生します。

配列を読み込んだら、配列長が本来のものよりも短くなっている

配列ファイルが EMBL や GenBank などの規定されたフォーマットの場合、例えば、EMBL では SQ 行、GenBank では Origin 行の次の行から配列が始まります。配列エディタで誤って、コメント部の SQ 行や Origin 行にある改行コードを削除してしまうと、配列の読み込み時に配列の一番最初の行が SQ 行または Origin 行に入ってしまい、多くの配列フォーマットでは一行辺り 60base なので 60base 分配列が短くなります。配列エディタでは SQ 行や Origin 行に入れられた配列は表示されません。このような場合はその配列ファイルをテキストエディタで開き、SQ 行や Origin 行に入ってしまった配列の先頭で改行して保存すれば正しく読めるようになります。

GENETYX-MAC の配列エディタで編集した配列を保存して、他のソフトで読み込ませようとしたらエラーになって読めない

→考えられる原因はいくつかあります。

1. コメント部に日本語などを使用している場合
2. コメント部を削除するか、誤った編集をしたため、フォーマットがおかしくなっている場合

このうち、2 についてですが、例えば GenBank の場合、Locus 行から始まり、Origin 行の次の行から配列が始まり、"//" で終了します。配列エディタで編集している場合、最後の "//" は書き込み時に付け加えられますので "//" が抜けることはありませんが、Locus 行や Origin 行はコメント部で編集した時に誤って削除される可能性があります。配列エディタは保存時にコメント部と配列部を結合して整形し保存しますので、コメント部の内容がフォーマットの規定に合わないファイルは正しいフォーマットとは識別されないため、ソフトによっては読めない場合があります。また、GENETYX-MAC で読み込んだ場合でもこのような配列は flat-file として読み込まれるため、コメント部の文字が配列として読み込まれてしまう危険があります。

Local Homology や Maximum Matching で配列サイズが 0 と表示される

→配列ファイル内に英数字、'-', '*', および改行以外のコードが含まれている場合正しく配列が読み込めないため、配列サイズが 0 と表示されることがあります。誤って全角のスペースを入れた場合などです。配列ファイルをチェックして下さい。ただし画面に表示されない制御コードが入っていると見つけるのが困難です。

解析結果が表示されない

→配列ファイル名に日本語などが含まれていると解析結果に解析対象となった配列名が書き込まれるため、テキストエディタが文字エンコーディングを識別できず表示されない場合があります。

ツールバーが消えた

→ウインドウの右上にある楕円形のボタンを押せばツールバーが現れます。これは GENETYX-MAC の機能ではなく、Mac OS X の標準の機能です。ツールバーが消えた原因もこのボタンを押したためです。OS X Lion からはツールバーは常に表示されます。

tRNA や HydoCluster の PICT 図が巨大なウインドウ上の一部に表示される

→/ホーム/ライブラリ/Preferences/"GENETYXPref Folder" 内の "PaperInfo.pref" を削除して下さい。

GENETYX-MAC で作成した PICT ファイルをプレビューで開いて拡大・縮小すると汚い表示になる

→プレビューは PICT をビットマップ画像として処理するため、拡大・縮小すると汚い表示になります。GENETYX-MAC で開けば PICT をベクトルグラフィックとして処理しますので拡大・縮小しても汚い表示にはなりません。

-48 dumplicate filename (rename) のエラーが発生する

→配列名に日本語や '/' が含まれていると不具合が発生します。特に '/' は UNIX 系 OS ではファイルパスのセパレーターとして使われますので、配列ファイル名には使用しないで下さい。Mac OS X の Finder では内部で他の文字に置き換えるので '/' が使用出来ますが、これは特殊なケースです。

clustalw の系統樹で bootstrap on で解析するとエラーが出て結果が出ない

→3 本の配列で解析していませんか？ clustalw は nj 法を使用していますが、nj 法は無根系統樹なので 3 本以下の配列では一見異なるように見えてもすべて同じ樹形です。したがって bootstrap を使う意味がありません。clustalw の系統樹解析では 3 本以下の配列で bootstrap を on にするとエラーになります。これは clustalw の仕様です。

clustalw や muscle を実行するとエラーが発生する

→原因のひとつとしてファイル名にスペースや記号などを使っている場合があります。GENETYX-MAC 自体はファイル名にスペースや記号が含まれていてもまず問題ありませんが (スラッシュやコロンを除く)、clustalw や muscle、blast などの外部プログラムは UNIX ベースのプログラムになっていますのでファイル名として使用出来る文字には制限があります。このような場合はターミナルからコマンドを打ち込んで clustalw や muscle を起動して操作しても配列ファイルを認識出来ないはずです。トラブルを避けるため、ファイル名はアルファベット、数字、'-' (ハイフン)、'_' (アンダースコア) だけを使用するのが無難です。また日本語などの全角文字は GENETYX-MAC 自体でも動作は保証出来ません。

clustalw や muscle が自身の問題、あるいは配列の内容の問題でクラッシュして終了する場合があります。この場合は GENETYX-MAC が終了を検知してエラーメッセージを表示します。

bl2seq がクラッシュする

→bl2seq が識別出来ない配列フォーマットのファイルを選択すると bl2seq がクラッシュします。例えば、bl2seq (blastp) はエントリー名が '>' で始まる古い CODATA の配列フォーマットを識別出来ないため、クラッシュします。GENETYX-MAC は古い配列フォーマットの読み込みにも対応していますが、bl2seq のような外部プログラムは対応していない場合もあります。

プリファレンスでマージン設定を 0 にすると印刷されない部分が発生する

→通常プリンタには印刷可能領域があり、用紙一杯に印刷されるわけではありません。GENETYX-MAC ではマージン設定のチェックがない状態では印刷可能領域一杯に印刷するようになっていますが、マージンが設定されるとマージン値分 (mm 単位)、用紙の端から印刷します。この時、マージン値が印刷可能領域をはみ出した場合はその分が印刷されません。印刷可能領域はプリンタのマニュアルに出てますので、その範囲に収まるようにマージン値を設定して下さい。印刷可能領域一杯に印刷したい場合はプリンタマージンのチェックを外して下さい。

GENETYX-MAC 固有のエラーコード

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GENETYX-MAC 固有のエラーの対処方法

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Save As... が消えた

→OS X Lion から Save As... が使えなくなりました。GENETYX-MAC の File メニューには Save As... は存在していますが、システムによって実行時に書き換えられているようです。Save As... に相当する方法としては Duplicate コマンドでウインドウのコピーを作り、Save... で名前を付けて保存します。Mountain Lion では Option キーを押しながら File メニューをクリックすると Save As... コマンドが使えますが、Lion ではこの方法は使えません。GENETYX-MAC 本体に関しては 17.0.2 から Save As... コマンドが使えるようになっています。