次世代シーケンサー対応機能 (64bit OS のみ)

ゲノムマッピング

発現量比較

• Magic-BLAST 検索 ▲ ●
  ゲノムやトランスクリプトーム全体に対して NGS シーケンスデータをマッピングします。 RNA-seq のマッピングにも対応しています。
• BAM ファイル指定発現量解析 ▲ ●
  入力元として BAM / SAM ファイルを直接指定して発現量解析を行います。
• 発現量比較 ▲ ●
  マッピング結果から作成したカウントデータから、DESeq2 パッケージを利用して二群間比較を行います。
• de novo Assembly ●
  MIRA ▲ を使用して、次世代シーケンサーから出力された断片配列の de novo Assembly を行います。
• SNP 検出機能 ▲ ●
  マッピング結果から SNP の検出を行います。 PCR 重複除去、Realignment およびフィルタ処理を行うことができます。結果は VCF ファイルとして出力することができます。
• ゲノム種比較 (微生物) ▲ ●
  Tetra Nucleotide 頻度および ANI (Average Nucleotide Identity) 値を算出して微生物ゲノム間の比較を行います。
• アミノ酸翻訳変異解析 ●
  マッピング結果より、変異がアミノ酸翻訳に与える影響を解析します。
• 数値指定で範囲選択・移動 ●
  任意の数値を指定し、指定した範囲を選択・移動が可能になりました。
• クオリティチェック機能
  マッピングやアセンブルなどの解析を行う前にシーケンサーから出力された配列の質 (クオリティスコア、塩基組成、配列長、重複など) を調査します。
• 発現量解析機能 (カウントのみ) ▲ ●
  マッピングの結果を元に発現量解析 (現在はカウント機能のみ) を行います。

シーケンサー出力のアセンブル

編集画面・結合マップ・波形表示の連動

• 配列・波形同時表示機能 ●
  同一画面上に配列ファイルと波形ファイルを表示が可能になりました。
• コンティグ全体の波形印刷
  アライメントした状態での断片配列の波形データをコンティグ全体にわたって印刷できます。
• ファイル読み込み方法の追加 (CEP) ●
  CEP ファイルを読み込み、アセンブリを ATGC ファイルとして開いたり保存したりできるようになりました。
• ベクター配列のトリミング
  ベクター配列を検索して、断片配列を読み込む際にその部分を取り除きます。目的の塩基配列のみをアセンブルすることができます。
• アミノ酸翻訳表示
  コンセンサス配列からアミノ酸へ翻訳して、コンセンサス配列と同時に表示できます。
• プロジェクトファイル形式の共通化 ●
  ATGC で作成したプロジェクトファイルを ATGC-MAC で開けるようになりました。また、その逆も可能です。
  
  ※Windows版の旧バージョンで作成したプロジェクトファイルはWindows版のみ対応
  Macintosh版の旧バージョンで作成したプロジェクトファイルはMacintosh版のみ対応