GENETYX-PDB に関する FAQ

GENETYX-PDB Ver.6

Q1. Windows 版の動作環境は?

Windows Vista, XP, 2000 および Java 2 Runtime Environment 32bit版 (推奨 J2RE1.5.0 以降) に対応しています。ただし、Windows Vista + J2RE1.6.0 以降の環境でご利用の場合は、GENETYX-PDB のインストール先に制限が有ります。Q3 も参照してください。

Q2. Macintosh 版の動作環境は?

Mac OS X 10.4.8 以降と Mac OS X 10.5 に対応しています。

Q3. 起動時に「ロックファイル作成中に異常が発生しました。」というエラーメッセージが表示されます。

Windows Vista + J2RE1.6.0 以降の環境で、GENETYX-PDB を Program Files 等の書き込みに管理者権限の必要なディレクトリにインストールしていると、このエラーが発生します。

お手数ですが、GENETYX-PDB を一般ユーザが書き込み可能なディレクトリにインストールしてご利用ください。

GENETYX-PDB Ver.5 (Macintosh版) の JVM による不具合

配列表示画面等の編集が可能なウィンドウ上でニーモニックキー (option+F 等) によりメニューを呼び出すと、編集画面上に呼び出しに使った文字 (F 等) が表示される。

この現象は JVM 1.4.* にて確認されています。

テキスト編集画面でのメニュー操作にはマウスをご利用ください。

今後の JVM のバージョンアップにより修正される可能性があります。

ヘルプが表示されるのが非常に遅い。

この現象は JVM 1.4.* にて確認されています。

GENETYX-PDB のヘルプファイルは HTML 形式のテキストファイルとなっていますので通常の Web プラウザで表示させることができます。お手数ですが Safari 等の Web プラウザで [GENETYX-PDB Ver.5.x.x]-[docs] フォルダ内の index.html ファイルを開いてご覧ください。

今後の JVM のバージョンアップにより修正される可能性があります。

ショートカットの command+Q でアプリケーションを終了すると、設定ファイルの内容が削除され、環境設定が初期化されて次回起動時にシリアルナンバーの入力が求められる場合がある。

この現象は Mac OS X 10.2 以降と JVM 1.3.* の組み合わせにて確認されています。

Mac OS X の [システム環境設定] の [ソフトウェアアップデート] で JVM を更新してください。

アプリケーションの終了にはショートカットを使わず GENETYX-PDB の [ファイル] メニューから[終了]を選択してください。

データベースの取得

Q1. インターネット上からデータベースを取得するのにどれくらいの時間が掛かりますか?

GenBank Rel.130 (約 12 GB) のデータを回線速度 1.5 Mbps (仮に実効速度 100 KB/secとする) で取得すると約 2 日掛かります。

Q2. データベース DVD-R,CD-R 支援で提供されているデータベースのリリースはいくつですか?

GenBank データベースは年 6 回、EMBL データベースは年 4 回の割合で更新されています。

DVD-R, CD-R 支援では、その時点での最新のデータベースを提供します。提供中のデータベースの詳細は弊社までお問い合わせください。

アプリケーション全般

Q1. 「アプリケーションが関連付けられていません」と表示され、プログラムが起動しません。

本プログラムは Java アプリケーションです。ご利用になるには Java 2 Runtime Environment (以下 J2RE) がインストールされている必要があります。先に J2RE をインストールしてください。

J2RE は動作確認済みの弊社推奨バージョンをご利用ください。

Q2. プログラムがエラーで終了してしまいます。

Microsoft Windows 98/Me/NT4.0 の環境上では一部の IME (日本語入力ソフト) と OS, Java との相性により、動作が不安定になる事が確認されています。

J2RE Ver. 1.3.0_01 以降では、それ以前のバージョンと比較して症状が改善されておりますので、古いバージョンをお使いの方は J2RE のバージョンアップを行ってください。また、IME 側での修正が行われている場合もありますので、お使いの IME についての情報を確認してください。

Q3. Microsoft Windows 98/Meで利用したいのですが。

Microsoft Windows 98/Me では表示可能なテキストサイズに制限 (約 60 KB) があるため、この制限を越える検索結果やエントリデータを得た場合には表示を行うことが出来ません。

Windows NT4.0/2000 にはこの制限はありません。Q4 の IME の問題も含め、Windows2000 での利用を強く推奨致します。

Q4. 最新の J2RE をインストールしているのに GENETYX-PDB が起動できません。

米国英語版の J2RE を使用した場合、正常に起動できない事があります。

GENETYX-PDB に添付されている弊社推奨の全言語版をご利用ください。

Q5. ディビジョン作成の条件設定ダイアログでディビジョン名の項目が入力できません。

米国英語版の J2RE を使用した場合、このような症状が起こる場合があります。

GENETYX-PDB に添付されている弊社推奨の全言語版をご利用ください。

Q6. 一旦「メモリー不足」が発生すると、プログラムの動作が非常に不安定になります。

特に J2RE1.3.x をご利用の場合、症状が顕著に表れるようです。Windows 版をご利用の場合は J2RE を 1.4.x にアップデートすることにより、症状が改善されます。

また、「メモリー不足」が発生した場合はそのまま続けてご使用にならず、アプリケーションを再起動してからお使いください。

Q7. Mac OS X 版でフォントの表示が欠けてしまいます。

使用するフォントによっては、文字の一部が欠けて表示できない場合があります。

Ver.4 以降では、フォントを適当なものに変更することで対処してください。Ver.3 では、申し訳ございませんが、フォントを変更することはできません。

Q8. GENETYX-PDB Ver.3 は Mac OS X 10.2 で使用できますか?

GENETYX-PDB Ver.3 を Mac OS X 10.2 上で使用すると、検索結果が表示できない場合がある不具合が確認されています。

この問題は Ver.4 で解決されています。

Q9. GENETYX-PDB と Java のバージョンはどうすれば確認できますか?

GENETYX-PDB Ver.4 以降では [ヘルプ] メニューから [バージョン] を選択して表示されるバージョン情報ダイアログで確認することができます。

Q10. GENETYX-PDB Ver.5 は Mac OS X 10.4 Tiger 上で動作しますか?

メニューやダイアログで、ニーモニックキーを示す下線表示がずれる現象が確認されています。この現象は、GENETYX-PDB の環境設定の表示タブで画面表示フォントに等幅フォントを指定することで解消されます。また、今後の OS、JVM のバージョンアップにより修正される可能性があります。

Q11. GENETYX-PDB Ver.5 は Java (TM) 2 Runtime Environment 1.5.0 (J2SE 5.0) 上で動作しますか?

GENETYX-PDB Ver.5.4.2 以前のバージョンでは、一部のダイアログが表示されない不具合が確認されています。この不具合は Ver.5.4.3 (2005.05.30) で修正されています。Java (TM) 2 Runtime Environment 1.5.0 (J2SE 5.0) 上で GENETYX-PDB をお使いの場合は、GENETYX-PDB を最新のバージョンにアップデートしてください。

ディビジョン操作

Q1. Add Entry と Update Entry の違いは?

Add Entry
指定されたディビジョンにエントリを追加します。エントリ名の重複は考慮されず、指定されたエントリデータは全て追加されます。
Update Entry
更新元となるエントリ名のデータが存在するかを確認し、同じエントリ名のエントリが見つかった場合は更新します。エントリが存在しない場合は新規に追加されます。
同じエントリ名のデータが複数見つかった場合には更新処理は行われません。

Q2. プライベートデータベース内のデータを更新したいのですが。

更新手順

  1. Entry Name 検索等で更新対象となるデータを取得し、ファイルに保存する。
  2. 保存したファイルを編集する。
  3. 取得元ディビジョンに対して、編集したファイルをデータファイルとして同一エントリ名で Update Entry を行う。

同一エントリ名になるよう注意して編集・更新作業を行ってください。

Q3. GENETYX-PDB Ver.3 で構築したディビジョンは Ver.4 でも利用できますか?

Ver.3 で構築したディビジョンはそのまま Ver.4 でご利用頂けます。

[データベース] メニューの [ディビジョン追加] コマンドでディビジョンリストに追加してご利用ください。

ただし、一旦 Ver.4 で更新したディビジョンは Ver.3 以前ではご利用になれません。使用された場合の動作は保証できません。

Q4. 2GB を超えるデータベースファイルの扱いについて。

GENETYX-PDB では、Java Virtual Machine の制限により、サイズが 2GB を超えるファイルを扱うことができません。圧縮時に 2GB 未満のファイルでも、展開後のサイズが 2 GB を超えるファイルは、同様に扱うことができません。2 GB を超えるファイルを扱うと、動作に支障を来す恐れがありますのでご注意ください。

Q5. 「エントリーが大きすぎます」というメッセージが出て、配列がディビジョンに登録できません。

GENETYX-PDB Ver.5.3.0より、データベースに登録できる配列データの大きさは JavaVM へ割り当てられたメモリーサイズに依存します。古いバージョンの GENETYX-PDB をお使いの場合はアップデートサービスより最新版のアップデータを取得して GENETYX-PDB をアップデートしてください。

JavaVM へのメモリー割り当てサイズを変更して GENETYX-PDB を起動する方法は、ヘルプの「10.5 巨大な配列を利用するには」を参照してください。

扱える配列長の目安はコメント部分、配列部分それぞれ最大ヒープメモリーサイズの約 1/15 です。特に設定を変更せず GENETYX-PDB を起動した場合の最大ヒープメモリーサイズは 64 MB で、登録出来る配列データの大きさは以下のとおりです。

コメント部分 4 MB (英数字約 400万字)
配列部分 4 MB (約 400万 base/aa)

設定されているメモリーサイズは GENETYX-PDB のバージョン情報で確認することができます。

ホモロジー検索

Q1. ホモロジー検索のアライメント表示で”'alignnuc0.xxxxxx'が開けません”というエラーメッセージが表示されます。

この現象は、一時ファイルへのディレクトリパスに 2 バイト文字 (日本語等) が混ざっていると発生します。

Windows 2000 の初期設定では、テンポラリディレクトリーが "<SYSTEM_DRIVE>:\Documents and Settings\<ユーザー名>\Local Settings\Temp" に設定されるため、ユーザー名に日本語を利用しているとこの問題が起こることがあります。

この問題は、GENETYX-PDB Ver.2.0.3 以降にアップデートすることで解決できます。また、ユーザー名に日本語を使わない、システム環境のテンポラリディレクトリー設定を変更する等で回避することもできます。

Q2. BLAST 検索に対応していますか?

GENETYX-PDB Ver.4 では NCBI (National Center for Biotechnology Information) が開発している BLAST2 プログラムに対応しており、ギャップを考慮した検索を行うことができます。

検索プログラムの種類
プログラム名 キー配列の種類 データベースの種類 検索方式
BLASTN 核酸 核酸 核酸キー列と核酸データベースを比較します。
BLASTP 蛋白質 蛋白質 蛋白質キー配列と蛋白質データベースを比較します。
BLASTX 核酸 蛋白質 核酸キー配列と蛋白質データベースを比較します。
キー配列は自動的に蛋白質に翻訳されます。
TBLASTN 蛋白質 核酸 蛋白質キー配列と核酸データベースを比較します。
データベース配列は自動的に蛋白質に翻訳されます。
TBLASTX 核酸 核酸 核酸キー配列と核酸データベースの双方を
蛋白質配列に翻訳して比較します。

Q3. ホモロジー検索が不正終了してしまいます。

GENETYX-PDB Ver.4.0.0 をご利用で、配列データサイズが不揃いの巨大なディビジョンに対して FASTA 検索、または、専用ファイルを使用しない BLAST 検索を行った場合、稀にホモロジー検索エンジンが不正終了する場合があります。

この問題は Ver.4.1.0 で修正されています。「アップデートサービス」のページよりアップデータを取得してアプリケーションを最新版にアップデートしてください。

[回避策]

  • ディビジョンを分割して検索する。
  • 専用ファイルを使用した BLAST 検索を利用する。

Q4. BLAST 検索が遅いのですが?

核酸ディビジョンに対する BLAST 検索の場合、BLAST 検索専用のデータを作成することにより、より高速に検索を行うことができます。BLAST 専用データを作成していない場合は、[ディビジョン]メニューの[付加ファイルの追加と削除]コマンドでBLASTデータを作成してください。

また、[環境設定] の [ホモロジー検索] タブの「BLAST データが存在する場合は優先して使用する」項目にチェックを付けてください。

Q5. HTG のような巨大な配列に対して BLAST 検索を行うとアプリケーションが異常終了するのですが?

巨大な配列を BLAST で検索するには、非常に多くのメモリが必要になります。メモリの増設や、結果の出力件数を減らすなどして対応できる場合があります。

Q6. エントリーの取得やキーワード検索は問題なく実行できるのに、ホモロジー検索を行うと「ホモロジー検索エンジンでエラーが発生しました。(内部エラーコード:7)」が表示され、検索が行えません。

ホモロジー検索では、アライメント表示のために一時的な作業用ファイルを作成します。作業用ファイルは、「環境設定」メニュー「ディレクトリー」タブの「テンポラリ」で指定されたパスに作成されます。初期設定では、GENETYX-PDB インストールフォルダ内に「tmp」ディレクトリが作成されます。途中でインストールフォルダの名前やパスを変更するとテンポラリディレクトリへのパスが不正となり、上記のエラーが発生します。テンポラリ用のパスが正常に設定されているか確認して下さい。

また、Macintosh 版をご利用の場合、GENETYX-PDB のインストールパスに日本語等の 2 バイト文字が含まれていると、ホモロジー検索エンジンの呼び出しに失敗してこのようなエラーが発生します。パス上に 2 バイト文字が含まれないよう変更してください。

検索結果の操作

Q1. インデックスファイルに登録されているエントリーが表示されません。

エントリーが格納されているディビジョンがディビジョンリストに存在しないと、エントリーの情報が読み込めないため表示できません。また、インデックスファイル作成後にエントリーが更新されると、そのエントリーはインデックスファイル内で無効になります。

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